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食品经营许可证由食品监督管理部门审查批准。

在《食品经营许可管理办法》中，第六条规定食品监督管理部门负责监督指导全国食品经营许可管理工作，县级以上地方食品监督管理部门负责本行政区域内的食品经营许可管理工作。同时，第七条规定国家食品监督管理总局负责制定食品经营许可审查通则，县级以上地方食品监督管理部门实施食品经营许可审查，应当遵守食品经营许可审查通则。

因此，食品经营许可证的审查批准由当地食品监督管理部门负责。