机械设备与厂房一并转让是否缴纳增值税

根据《国家税务总局关于纳税人转让土地使用权或者销售不动产同时一并销售附着于土地或者不动产上的固定资产有关税收问题的公告》（国家税务总局公告2011年第47好）规定，纳税人转让土地使用权或者销售不动产的同时一并销售的附着于土地或者不动产上的固定资产中，凡属于增值税应税货物的，应按照《财政部国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税【2009】9号）第二条有关规定，计算缴纳增值税；凡属于不动产的，应按照《人民共和国营业税暂行条例》“销售不动产”税目计算缴纳营业税。
根据上述规定，公司转让的厂房属于不动产的范畴，不需要缴纳增值税，而转让的机器设备属于销售增值税应税货物的范畴，应按照财税【2009】9号第二条有关规定，计算缴纳增值税。同时根据国家税务总局公告2011年第47好规定，纳税人应分别核算增值税应税货物和不动产的销售额，未分别核算或核算不清的，由主管税务机关核定其增值税应税货物的销售额和不动产的销售额。