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增值税起征点及运输费用进项税额的确定与抵扣
对个人销售未达到起征点的，免征增值税。
其具体起征点由省级财政厅（局）和国家税务局在规定幅度内确定，并报财政部、国家税务局总局备案。
自2011年11月1日起,将销售货物的起征点幅度由2000-5000元提高到5000-20000元，将销售应税的起征点幅度由月销售额150-200元提高到300-500元。
纳税人兼营免税、减税项目的，应当分别核算减税免税项目的销售额。未分别核算销售额的，不得减税、免税。
免税货物恢复征税后，其免税期间的外购的货物，一律不得作为当期进项税额抵扣。恢复征税后收到的该项货物免税期间的增值税专用发票应当从当期进项税额中剔除。
运输费用进项税额的确定与抵扣
增值税一般纳税人外购或销售货物以及在生产经营中所支付的运输费用（代垫运费除去外），根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依7%的扣除率计算进项税额准予扣除。
这里所称的准予抵扣的货物运费金额是在运输单位开具的运费结算单据上注明的运输费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费）、建设基金、但不包括支付的装卸费、保险费等其他杂费、准予抵扣的运费结算单据，包括国有铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物数量、运输单价、运费金额等项目的填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵扣。这里还要说明一点，准予计算进项税额扣除的货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。纳税人购进销售货物所支付的运输费用明显偏高，经过审查不合理的，不予抵扣运输费用。
从2003年12月1日起，国家税务局对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输发票进行比对。凡比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。
增值税一般纳税人在申报抵扣2003年11月1日起取得的运输发票增值税进项税额时，应向主管国家税务局填报增值税运输发票抵扣清单纸质文件及电子信息，未报送的其进项税额不得抵扣。
增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输发票准予计算抵扣进项税额。准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运费；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。      
一般纳税人取得的汇总开具的运输发票，凡附有运输企业开具并加盖财务专用章或发票专用章的运输清单，允许计算抵扣进项税额。
一般纳税人取得的项目填写不齐全的运输发票（附有运输清单的汇总开具的运输发票除外）不计算抵扣进项税额。