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参与生物体的各种生命活动，实现各种特殊的生理功能而不是起结构作用。它就像具有不同功能的机械一样具有各自特异的功能，从而赋予不同细胞和生物体以各自特异的能力。功能蛋白的种类繁多，其所承担的生理功能也多种多样。催化蛋白：催化特定的生化反应，降低反应的活化能，使反应快速地进行。主要为各种酶类。免疫蛋白：参与免疫应答反应，能使生物体有效地抵御有害生物或物质的入侵。主要为各种抗体等。