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2001年1月1日，为庆祝新世纪个元旦，云南日报出版百版世纪珍藏特刊。
2003年10月10日，云南日报改版。一版、二版要闻，三版国内，四版国际，五版设置中国·云南—东盟、观察与监督、特别关注、城市、小康之路等版面，六版设置时政、文化、农村等版面，七版设置经济、综合、科教卫等版面，八版体育，九版设置法律与生活、市场、民声民情、科技等版面，十版设置理论纵横、投资、彩云之南、教育等版面，十一版设置文史哲、消费、读书、健康等版面，十二版设置文摘、就业、读图、旅游等版面，每周五九至十二版为周末大观。