香港公司有正常运营而不审计的后果如下

1.银行账户被关闭
如果被税务局查到未进行审计，通常会直接通知银行封闭该公司的银行账户，并且强行扣款。
2.严重的罚款和处罚
如果被税务局查到未进行审计，会处以巨额罚款，且罚款金额会随着时间积累而增加，并需要缴纳3倍的税额，严重的话将被追究刑事责任，起诉至法庭，限制出入境，甚至被判监禁。
3.公司业务受影响
如公司改股改董等事项将会受到影响。
4.无法参与境外项目
通常香港公司想要参与境外项目，项目方会要求公司出示审计报告，来判断公司是否有财力以及能力来参与该项目。