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相当多的蛋白质行使功能的时候并不是单打独斗的，蛋白质们通过蛋白质相互作用形成复合体然后进行工作，在工作的过程中，蛋白质们也可以通过更换相互作用的伙伴从而改变蛋白质复合体的功能。
因此，研究蛋白质的相互作用成为研究蛋白质功能和作用机制的为重要的环节之一。另外，蛋白质相互作用的本质其实是三种力，氢键，分子间作用力和疏水力，因为这三种力的作用距离都非常的短，所以相互作用的蛋白我们通常认为它们必定相互接近，尽管这是个充分非必要命题，但是我们常常使用这个命题的逆命题来进行实验检测。