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氢气对生命曾经被认为是惰性气体，既没有正面作用，也没有负面作用。近10多年，氢气的医学效应被发现后，学术界仍然认为氢气没有毒性。
为什么氢气没有毒性？
因为氢气分子量小，在空气中容易上浮，导致地面附近的大气中氢气含量极其稀少。但今天生命起源的研究认为，氢气在地球生命起源过程中发挥极其重要作用，在环境中一定浓度的氢气含量是无机物演变为有机物的关键因素，也可能是催化生命产生的关键因素。地球细胞生物可以分为三个域，、古菌和有核生物，其中有核生物包括、动物和植物等多种多样的复杂生命形式。而有核生物则是从古菌和共生进化产生，其中能消耗氢气的古菌成为细胞的外壳，能制造氢气的逐渐退化为线粒体。
因此，无论地球生命起源，还是复杂生命的进化，都离不开氢气的协助，氢气可以说是地球生命催化剂，或者说氢气是地球生命之父。虽然氢气和生命起源的关系密切可以证明氢气生物医学效应存在必然性，和水和氧气一样，氢气也属于典型的生物活性物质或生命物质，但这和氢气的安全性并没有必然联系，好比二氧化碳和氧气对许多生物存在强烈毒性。但一般来说，生物活性物质和生物系统存在兼容性，在某个剂量范围内往往对生物是安全的。